กระทรวงศึกษาธิการได้เสนอมาตรการ การจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ ต่อคณะรัฐมนตรี (หนังสือกระทรวงศึกษาธิการ ที่ ศธ ๐๒๐๕/๔๙๓๓ ลงวันที่ ๑๒ พฤษภาคม ๒๕๔๒) และได้ขอความเห็นชอบเกี่ยวกับยุทธศาสตร์การดำเนินงานและโครงสร้างการบริหารงานของการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ โดยกำหนดให้สอดคล้องกับรูปแบบของการบริหารจัดการศึกษาตามร่างพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติฉบับใหม่ สาระสำคัญประการหนึ่งในโครงสร้างการบริหารการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ คือ ให้มีศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัด ทำหน้าที่เป็นศูนย์เตรียมการ นำนโยบายไปสู่การปฏิบัติ จัดทำและจัดสรรงบประมาณให้แก่สถานศึกษา ประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในพื้นที่ให้บริการการศึกษา บำบัดฟื้นฟู  และดำเนินการระบบส่งต่อโรงเรียนและชุมชน โดยมีเงื่อนไขในชั้นนี้ คือ ให้โรงเรียนการศึกษาพิเศษของกรมสามัญศึกษาใน ๓๕ จังหวัด ทำหน้าที่ศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัด และให้ขอใช้สถานที่ของโรงเรียนสังกัดกรมสามัญศึกษา หรือสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัด ในจังหวัดที่ไม่มีโรงเรียนการศึกษาพิเศษ เพื่อจัดตั้งเป็นศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดในอีก ๓๙ จังหวัด คณะรัฐมนตรี ซึ่งมี นายชวน หลีกภัย เป็นนายกรัฐมนตรี ที่ประชุมคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๖ กรกฎาคม ๒๕๔๒ ได้มีมติให้กระทรวงศึกษาธิการดำเนินการจัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ (เพื่อคนพิการ) ประจำจังหวัด ให้เป็นสถานศึกษาสังกัดกองการศึกษาเพื่อคนพิการ กรมสามัญศึกษา ขึ้นทุกจังหวัด

วันที่ ๓๑ กรกฎาคม ๒๕๔๓ กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดสตูล เพื่อจัดการศึกษาในลักษณะศูนย์บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มและเตรียมความพร้อมของคนพิการ สนับสนุนการเรียนการสอน การจัดสื่อสิ่งอำนวยความสะดวก การให้บริการ และความช่วยเหลือที่เกี่ยวข้อง การจัดครูเดินสอนแก่คนพิการ ประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในพื้นที่ให้บริการการศึกษา บำบัด ฟื้นฟูสมรรถภาพ และดำเนินระบบส่งต่อโรงเรียนและชุมชน ในการก่อตั้งครั้งแรกได้รับความอนุเคราะห์จากโรงเรียนพิมานพิทยาสรรค์ ให้ใช้สถานที่ตั้งสำนักงานที่ทำการชั่วคราวในโรงเรียนพิมานพิทยาสรรค์ ตำบลพิมาน อำเภอเมือง จังหวัดสตูล และกระทรวงศึกษาธิการมีคำสั่งให้ นายเกษมสุข พสุนธราธรรม อาจารย์ ๒ ระดับ ๗ โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา จังหวัดสงขลา ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดสตูล เป็นการประจำ

ต่อมา ปี พ.ศ.๒๕๔๗ ดร.คุณหญิงกษมา วรวรรณ ณ อยุธยา เลขาธิการคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานในขณะนั้น มาตรวจเยี่ยมราชการ ณ ศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดสตูล มีนางวริศรา วงศ์มุสิก ดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์ฯ และพบว่าสถานที่ให้บริการของศูนย์ฯ คับแคบเกินไป ไม่สามารถให้บริการแก่นักเรียนได้เต็มที่ และได้ติดต่อประสานกับนายมนัส ไชยศักดิ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนสตูลวิทยาในขณะนั้น เพื่อขอใช้สถานที่บางส่วน รวมทั้งอาคารเกษตร เป็นที่ตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดสตูล ต่อมา ตามหนังสือโรงเรียนสตูลวิทยา ที่ ศธ ๐๔๑๔๘/๑๙๙ ลงวันที่ ๒๗ เมษายน ๒๕๔๗ ได้สนับสนุนที่ดินจำนวน ๕ ไร่ ให้ใช้เป็นสถานที่ก่อสร้างอาคารสำนักงาน จำนวน ๑ หลัง อาคารหอประชุม จำนวน ๑ หลัง และโรงอาหาร จำนวน ๑ หลัง ซึ่งเป็นที่ตั้งของศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดสตูลในปัจจุบัน

ปัจจุบัน ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดสตูล ดำเนินการเปิดให้บริการช่วยเหลือฟื้นฟูสมรรถภาพ และเตรียมความพร้อมเด็กพิการ รวมทั้งให้การช่วยเหลือทางด้านต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับคนพิการ ตั้งแต่แรกเกิดหรือแรกพบความพิการจนถึงตลอดชีวิต โดยมี นายกฤษฎา แก้วประดับ ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดสตูล